Reprodutibilidade Computacional em Ecologia
e Evolução
Apresentação
Olá!
Obrigado pelo interesse em participar da disciplina
“Reprodutibilidade Computacional em Ecologia e
Evolução”, que será ministrada entre os dias 06 e 10 de
Novembro de 2023 no Programa de Pós Graduação em Ecologia e
Evolução da UFG. Nesta disciplina serão abordados conceitos teóricos,
tendências e ferramentas práticas para desenvolver pesquisas que vão ao
encontro dos princípios e movimento da ciência aberta.
Este sítio servirá como um guia para nossas aulas. Nele vocês
encontrarão os materiais necessários (dados)
bem como os scripts que utilizaremos durante as aulas para as atividades
práticas. Ah! O site continuará funcionando após o término da
disciplina, portanto, sempre que tiver alguma dúvida é só voltar aqui e
revisitar o que vimos nas aulas.
Ministrantes
O curso será ministrado por mim, Gabriel Nakamura, com participação
da Dr. Melina Leite
Quem sou
Sou formado em licenciatura em Ciências Biológicas (apesar da dúvida
entre Ciências Sociais e História), fiz algumas andanças de difícil
reprodutibilidade para obter meu mestrado (Ecologia e Conservação UFMS)
e doutorado (Ecologia UFRGS). Após um tempo fora (posdoc Texas A&M
University), a saudade do pequi e da guariroba do cerrado falaram mais
alto e atualmente trabalho na Universidade Federal de Goiás como posdoc
do INCT-EECBio. Meus trabalhos estão focados principalmente no
desenvolvimento de métodos e ferramentas estatísticas em ecologia de
comunidades, macroecologia e macroevolução. Tem interesse também em
entender os viéses da dinâmica de produção científica. Aqui um pouquinho mais
do que venho desenvolvendo nos meus estudos. Se quiser saber mais um
pouco, e além do lattes, dá uma olhada no meu site
pessoal.
Cronograma das aulas
Abaixo está o cronograma das aulas. Algumas coisas podem mudar
durante o decorrer das aulas dependendo do andamento das atividades
práticas e discussões.
Organização local de projetos: pastas, scripts limpos, etc
Prática em controle de versão/ Ações básicas
Dockers, Target, renv e groundhog
Finalização e Feedbacks
OBS 1: O início das aulas matinais será aberto para
dúvidas e discussões em grupo sobre assuntos de dias anteriores.
OBS 2: O fim das aulas vespertinas (16-17h) também
serão livres para discussões e dúvidas de projetos individuais.
Preparação pré-aula e materiais para práticas
Aqui algumas informações sobre os materiais utilizados durante esta
aula, os pacotes estatísticos necessários para realizar as atividades
práticas e algumas coisas importantes para fazer antes do primeiro dia
de aula.
Programas/platarformas utilizadas:
Você precisará ter instaldo previamente a última versão do R e Rstudio Desktop, e também deverá
ter uma conta no GitHub. Todas
as ferramentas são gratuitas ou têm versão gratuita. Traga seu
computador para as aulas TODOS OS DIAS!
Dados
Com o intuito de manter o foco na compreensão dos conceitos e
processos que serão ensinados, vamos utilizar um material único
compartilhado com toda turma. Para tanto vamos utilizar conjuntos de
dados disponíveis em outros tutoriais como o Living
Norway Project, os dados do pacote EML
e um conjunto de dados chamado Palmer Penguins. Todos
os dados já estão presentes no repositório deste curso, portanto, tudo
que você deve fazer é o download deste repositório para o seu
computador.
Para fazer o download deste repositório é só clicar neste botão
Créditos
Vários materiais desta disciplina foram utilizados em outras versões
da mesma disciplina. Fica aqui um agradecimento especial a Melina Leite,
que escreveu as seções de “Ciência aberta” e “Dados abertos em
ecologia”, que proporciona um ótimo resumo sobre esses conceitos, bem
como algumas referências essenciais sobre estes tópicos.
