class: title-slide, center, bottom # Com Quantas Métricas se Descreve Uma Comunidade? ## O uso da dimensionalidade na descrição da biodiversidade em ecologia de comunidades. ### Gabriel Nakamura ### UFC (Professor substituto) · UFRGS (Posdoc) #### Seminários PPG Ecologia UFRJ · 2021-09-14 --- name: hello class: inverse, right, bottom <img style="border-radius: 70%;" src="https://raw.githubusercontent.com/GabrielNakamura/talk-ufrj/master/images/avatar.png" width="150px"/> # Você pode me encontrar em... [
@gabrielnakamur4](http://twitter.com/gabrielnakamur4) [
@GabrielNakamura](http://github.com/GabrielNakamura) [
gabrielnakamura.netlify.app](https://gabrielnakamura.netlify.app) [
gabriel.nakamura.souza@gmail.com](mailto:gabriel.nakamura.souza@gmail.com) --- class: inverse, middle, center # Quem sou eu <img src="images/thisIsBird.jpeg" width="30%" style="display: block; margin: auto;" /> --- # Um pouco do caminho <img src="images/PhDKnowledge.001.jpg" width="70%" style="display: block; margin: auto;" /> --- # Graduação <img src="images/PhDKnowledge.002.jpg" width="70%" style="display: block; margin: auto;" /> --- # Graduação <img src="images/PhDKnowledge.003.jpg" width="70%" style="display: block; margin: auto;" /> --- # Mestrado <img src="images/PhDKnowledge.004.jpg" width="70%" style="display: block; margin: auto;" /> --- # Mestrado <img src="images/PhDKnowledge.005.jpg" width="70%" style="display: block; margin: auto;" /> --- # Doutorado <img src="images/PhDKnowledge.006.jpg" width="70%" style="display: block; margin: auto;" /> --- # Doutorado <img src="images/PhDKnowledge.008.jpg" width="70%" style="display: block; margin: auto;" /> --- # Minha pequena contribuição .pull-left[ <img src="images/PhDKnowledge.010.jpg" width="90%" style="display: block; margin: auto;" /> ] -- .pull-right[ .center[ .midle[ Gostar de Ecologia sem ter um grupo do ❤️ Descrever padrões de biodiversidade em comunidades <img src="images/ecography_Revisiting.png" width="60%" style="display: block; margin: auto;" /> <img src="images/ecology-beta-div.png" width="60%" style="display: block; margin: auto;" /> .center[ <img src="images/Logo_FishPhyloMaker.png" width="40%" style="display: block; margin: auto;" /> ] ] ] ] --- class:middle, center # Era uma vez, em 2012... ## Uma dissertação para ser feita -- ## Um conjunto de dados de comunidades de peixes -- ## **Uma tentativa de responder uma questão** --- class: inverse, middle, center # O que é biodiversidade? <img src="images/lightbulb-color.png" width="10%" style="display: block; margin: auto;" /> --- class: middle, inverse, center # Começando pelo fim ## A trajetória Star Wars de investigação  --- class: inverse, middle, center # Episódio I ## O Ataque das Métricas --- # Qual métrica é mais importante? <img src="images/elephant-blindman.jpeg" width="80%" style="display: block; margin: auto;" /> --- # A visão de [Ricotta (2005)](https://link.springer.com/article/10.1007/s10441-005-7001-6) 🧀 .pull-left[ <img src="images/ricotta.jpeg" width="80%" style="display: block; margin: auto;" /> ] -- .pull-right[ .center[ .midle[ *"…biodiversity may be defined simply as a set of **multivariate summary statistics for quantifying different characteristics of community structure**"* <img src="images/matrixM.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" /> ] ] ] --- # Calculando a Contribuição das métricas (IVs) .pull-left[ <img src="images/IV-calculation.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" /> .left[ Extensão da proposta de [Wilsey et al 2005](https://esajournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1890/04-0394) <img src="images/wilsey-IV.png" width="20%" style="display: block; margin: auto;" /> ] ] -- .pull-right[ .center[ <img src="images/RGB.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" /> ] ] --- # Aplicando os IVs para comunidades de 🐟 .pull-left[ <img src="images/map-IV-Austral.jpeg" width="90%" style="display: block; margin: auto;" /> ] -- .pull-right[ <img src="images/IVs-Res-Austral.jpeg" width="60%" style="display: block; margin: auto;" /> ] .center[ **Dimensões *Funcional* e *Filogenética* como mais importantes para representar a diversidade** ] --- class: center, inverse, middle # Episódio II ## O EE contra-ataca (Evenness of Eigenvalues) --- # A proposta de Stevens e Tello (2014, 2019) .pull-left[ <img src="images/Stevens-Tello-scheme.png" width="80%" style="display: block; margin: auto;" /> <img src="images/Results-Stevens.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" /> ] -- .pull-right[ <img src="images/RGB2.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" /> ] -- .center[ .midle[ - **Aborda a dimensionalidade através do grau de correlação de diferentes métricas** - **Dimensionalidade representada em um único valor: <span style="color:red">EE</span> (Evenness of Eigenvalues)** ] ] --- class: center, inverse, middle # Episódio III ## O (Re)Despertar da Dimensionalidade (EE + IV) ### Em busca de uma visão unificadora da Dimensionalidade (EE + IV) --- # Conciliando IVs e EEs ## Dois métodos, uma só história .center[ .midle[ <img src="images/reconcilingIV-EE.png" width="80%" style="display: block; margin: auto;" /> ] ] --- # EE nos conta sobre a complementariedade e IV sobre redundância .pull-left[ ## Complementariedade .center[ .midle[ <img src="images/complementarity.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" /> ] ] ] -- .pull-right[ ## Redundância .center[ .midle[ <img src="images/redundancy.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" /> ] ] ] --- # O framework integrado .center[ .midle[ <img src="images/framework-complete.png" width="50%" style="display: block; margin: auto;" /> ] ] -- 1- A abordagem integrativa possibilita maior compreensão da dimensionalidade? 2- Ela realmente funciona? --- # Testando o framework integrado - Validação das Simulações .pull-left[ <img src="images/framework-complete.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" /> ] .pull-right[ - Cenário de **poucas dimensões** e **semelhança na importância das métricas** - Cenário de **poucas dimensões** e **diferença na importância das métricas** - Cenário de **muitas dimensões** e **semelhança na importância das métricas** - Cenário de **muitas dimensões** e **diferença na importância das métricas** ] --- # Testando o framework integrado - Criando comunidades <iframe src="https://gabrielnakamura.shinyapps.io/Supp_matShiny/?showcase=0" width="100%" height="400px"></iframe> --- # Testando o framework integrado - Evidências teóricas .pull-left[ <img src="images/results-simulation.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" /> ] -- .pull-right[ .center[ .midle[ - Baixos EE nos cenários de baixa complementariedade (alta correlação) - Altos EE nos cenários de alta complementariedade (baixa correlação) - IVs respondendo a variação na importância das métricas ] ] ] --- # Testando o framework integrado - Mundo Real <img src="images/empirical-test-dimensionality.png" width="70%" style="display: block; margin: auto;" /> --- # Testando o framework integrado - Mundo Real <img src="images/Figure5_EEandIV.png" width="70%" style="display: block; margin: auto;" /> -- - Dimensões taxonômica e filogenética como complementares -- - Métricas de riqueza e divergência filogenética (PSV) como mais importantes --- # Com quantas métricas se descreve uma comunidade? .pull-left[ <img src="images/conclusion-conceptual1.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" /> ] -- .pull-right[ <img src="images/conclusion-practical.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" /> ] --- class: center, inverse, middle # Episódio IV ## A Ascenção Dimensionality (O que há por vir?) -- - Modelos mecanísticos ligando dimensionalidade e processos macroecológicos e macroevolutivos - Pacote Dimensionality .center[ .midle[ <img src="images/featured-hex.png" width="20%" style="display: block; margin: auto;" /> ] ] --- background-image: url(images/sidebar-listing.png) background-position: left background-size: contain class: center, middle, inverse .pull-right[ <img style="border-radius: 70%;" src="https://publons.com/media/thumbs/academic/photos/4a4ea660b3164621b1cc2a94d5c73634.jpg.200x200_q95_crop_detail_upscale.jpg" width="150px"/> <img style="border-radius: 70%;" src="https://www.ufrgs.br/nerf/images/equipe/larissa.jpg" width="100px"/> ## Colaboradores Tema dos slides desenvolvido por [Desirée De Leon](http://desiree.rbind.io/). Slides criados através do pacote [**xaringan**](https://github.com/yihui/xaringan). Com o chakra a partir de [remark.js](https://remarkjs.com), [**knitr**](http://yihui.name/knitr), e [R Markdown](https://rmarkdown.rstudio.com). ]