Boas Práticas e Ferramentas da Ciência
Aberta na Ecologia - BIE5798
Apresentação
Olá!
Obrigado pelo interesse em participar da disciplina “Boas Práticas e
Ferramentas da Ciência Aberta na Ecologia - BIE5798”, que será
ministrada entre os dias 08, 10, 12, 15 e 17 de Julho de
2024 no Departamento de Ecologia, IB-USP, São Paulo. Nesta
disciplina serão abordados conceitos teóricos, tendências e ferramentas
práticas para desenvolver pesquisas que vão ao encontro dos princípios e
movimento da ciência aberta.
Este sítio servirá como um guia para nossas aulas. Nele vocês
encontrarão os materiais necessários (dados)
bem como os scripts que utilizaremos durante as aulas para as atividades
práticas. Ah! O site continuará funcionando após o término da
disciplina, portanto, sempre que tiver alguma dúvida é só voltar aqui e
revisitar o que vimos nas aulas.
Ministrantes
O curso será ministrado por Melina Leite e Gabriel Nakamura.
Melina
Sou ecóloga e cientista de dados no departamento de Ecologia da USP.
Tenho graduação em biologia (UFRJ), mestrado (UFRJ) e doutorado em
Ecologia (USP). Acumulei também um MBA em Gestão Ambiental (Poli-USP) e
MBA em Ciência de Dados (ESALQ-USP). Ao longo dos anos trabalhei em
diferentes áreas da ecologia e biologia da conservação como ecologia da
paisagem, de comunidades, de populações e ecologia aplicada. Tenho
bastante interesse na aplicação métodos estatísticos para descobertas
ecológicas (modelos mistos são meu xodó). Adoro escalada, trilhas e
esportes de aventura no geral! Ah, e sou uma entusiasta do movimento da
Ciência Aberta!!
Para me achar e saber mais sobre mim, veja meu site.
Gabriel
Gabriel é formado em licenciatura em Ciências Biológicas (apesar da
dúvida entre Ciências Sociais e História), fez algumas andanças de
difícil reprodutibilidade para obter o mestrado (Ecologia e Conservação
UFMS) e doutorado (Ecologia UFRGS). Após um tempo fora (posdoc Texas
A&M University), a saudade do pequi e da guariroba do cerrado falou
mais alto e retornou como posdoc da Universidade Federal de Goiás no
INCT-EECBio. Atualmente é posdoc na Universidade de São Paulo. Vem
desenvolvendo métodos e ferramentas estatísticas em ecologia de
comunidades, macroecologia e macroevolução. Tem interesse também em
entender os viéses da dinâmica de produção científica. Aqui um pouquinho mais
do que venho desenvolvendo.
Cronograma das aulas
Abaixo está o cronograma das aulas que iremos seguir. Algumas coisas
podem mudar (mais ou menos tempo gasto) dependendo do andamento das
atividades práticas.
8 Jul
10 Jul
12 Jul
15 Jul
17 Jul
Manhã 9-12h
Ciência Aberta + Apresentação da disciplina
Organização local de projetos: pastas, scripts limpos
Git, Github, integração
Literate programming/ Rmarkdown/Quarto
Publicação: Preprints, tipos de acesso aberto
Tarde 14-17h
Dados abertos: plano de gestão, organização, metadados, publicação
Controle de versão
Prática em controle de versão/ Ações básicas
Revisão de código
Extra: Dockers e Target / Finalização
OBS 1: O início das aulas matinais será aberto para
dúvidas e discussões em grupo sobre assuntos de dias anteriores.
OBS 2: O fim das aulas vespertinas (16-17h) também
serão livres para discussões e dúvidas de projetos individuais.
Preparação pré-aula e materiais para práticas
Aqui algumas informações sobre os materiais utilizados durante esta
aula, os pacotes estatísticos necessários para realizar as atividades
práticas e algumas coisas importantes para fazer antes do primeiro dia
de aula.
Programas/platarformas utilizadas:
Você precisará ter instalado previamente a última versão do R e Rstudio Desktop, e também deverá
ter uma conta no GitHub. Todas
as ferramentas são gratuitas ou têm versão gratuita. Traga seu
computador para as aulas TODOS OS DIAS!
Dados
Com o intuito de manter o foco na compreensão dos conceitos e
processos que serão ensinados, preferimos utilizar um material único
compartilhado com toda turma. Para tanto vamos utilizar conjuntos de
dados disponíveis em outros tutoriais como o Living
Norway Project, os dados do pacote EML
e um conjunto de dados chamado Palmer Penguins. Todos
os dados já estão presentes no repositório deste curso, portanto, tudo
que você deve fazer é o download deste repositório para o seu
computador.
Para fazer o download deste repositório é só clicar neste botão
